CTe de anulação - procedimentos

Emissão de CT-e de anulação  NF-e (Nota Fiscal Eletrônica) de Anulação de valor relativo à prestação de serviço de transporte, que  servirá para os casos em que o cancelamento não seja mais possível e, sendo assim,  a transportadora poderá  fazer uma anulação de valores eletrônica de serviço de transporte em substituição ao anterior, devendo primeiramente ser verificado se o tomador do serviço (aquele que paga o frete) do CT-e é ou naõ contribuinte do ICMS. 

Caso o tomador seja contribuinte do ICMS ele deverá  emitir uma NF-e de anulação de valor contendo as seguintes  informações:  

O tomador deverá encaminhar um a via da NF-e à transportadora que emitiu o CT-e com erros.

De posse desta Nota Fiscal o prestador de serviços de transporte lançara no livro de entrada com o CFOP 1.206 e  deverá emitir um CT-e de sunstituição relacionando o CT-e emitido com erro, destacando no campo de “Finalidade de Emissão”  do novo CT-e,  a denominação  “SUBSTITUIÇÃO”.

Na hipótese do tomador de serviço não contribuinte do ICMS , este fará uma declaração no verso do CT-e e a transportadora de posse desta declaração fará um CT-e de Anulação de Valores, utilizando a finalidade 2 e o tipo de emissão deve ser normal, com CFOP 1.206/2.206, conforme o caso. 

Em Resumo :

Só devemos emitir o CT-e de Anulação quando o tomador de serviço não é contribuinte do ICMS, pois este não tem condições de emitir um documento fiscal seja este eletrônico ou não.
Se o tomador do serviço for contribuinte do ICMS, ele deve emitir um documento fiscal e será este documento a ser informado ao emitir o CT-e de Substituição.
Dessa forma,  em um CT-e de substituição devemos relacionar outros 2 documentos, sendo que um é o CT-e Original e o segundo é o documento emitido pelo tomador.
Se o tomador não é contribuinte do ICMS ele não tem como emitir, neste caso é a própria transportadora que emite, e esse documento emitido pela transportadora é o CT-e de Anulação.

Só podemos emitir um CT-e de Anulação quando o tomador não for contribuinte do ICMS.
 
A regra é muito simples.
Para tomador não contribuinte do ICMS:
1. o tomador deverá emitir uma declaração;
2. emitir um CT-e de Anulação referenciando o CT-e Original.
Veja página 178 do Manual do CT-e versão 3.00 - campos: #393, #394 e #395.
3. emitir um CT-e de Substituição referenciando o CT-e Original e o de Anulação.
Veja página 177 do mesmo manual - campos: #370, #371 e #372.
 
Para tomador contribuinte do ICMS (logo emite NF-e ou CT-e ou NF comum de papel):
1. o tomador deverá emitir um documento fiscal, que poderá ser um dos 3 tipos de documentos mencionados acima, isso vai depender do tipo da empresa.
2. emitir um CT-e de Substituição referenciando o CT-e Original e o documento emitido pelo tomador.
Veja página 177 do mesmo manual - campos: #370, #371, #373 e #374 (no caso da NF-e) ou #384 (no caso do CT-e) ou os campos pertencentes ao grupo #375 (referente a NF comum de papel).
 
Note que o CT-e de substituição emitido pelo Rene esta sendo rejeitado pelo simples fato dele ter emitido um CT-e de anulação cujo tomador é contribuinte.
Esse foi o grande erro.
Veja também a regra G158 que se encontra na página 51 do mesmo manual.